El centro de investigación en microbiología ambiental y biotecnología es un área de investigación básica y aplicada, el cual es un referente a nivel nacional con identidad propia. Sus principales enfoques son la biotecnología microbiana, la microbiología ambiental y en menor medida la biotecnología vegetal y la farmacognosia. Está integrado por investigadores cuya misión es desarrollar investigación científica de alto nivel, así como formar recursos humanos especializados en los campos científicos y tecnológicos que contribuyan con el desarrollo social y económico del estado de Campeche y la región.