El objetivo principal del Centro de Investigaciónn en Microbiología Ambiental y biotecnología es la búsqueda de nuevos conocimientos a través de la realización de investigación científica, y/o tecnológica, tanto básica como aplicada, que contribuyan con el desarrollo social y económico del estado de Campeche y la región, en los campos de la biotecnología ambiental, la biotecnología de microorganismos, la biotecnología marina, microbiología ambiental y la química de productos naturales. Participando de manera activa en la formación de recursos humanos altamente capacitados para la docencia, investigación e inserción en la industria. Adicionalmente contribuyendo en labores de transferencia y difusión los conocimientos producto de su labor.